Noventa por ciento de las patologías que causan halitosis son enfermedades orales, otorrinolaringológicas y respiratorias dan cuenta del 8%, digestivas 1% y el resto por otras enfermedades. Es así como pueden clasificarse como causas provenientes de la cavidad oral, o enfermedades que tienen origen extraoral, siendo la principal causa de halitosis relacionada con la cavidad oronasal, secundarias a infecciones agudas o crónicas, virales o bacterianas como faringitis, amigdalitis, encontrando también abscesos.
También es importante tener presente que una serie de enfermedades sistémicas pueden causar mal aliento. Existe una serie de alimentos que pueden relacionarse con halitosis, como cebolla, ajo y algunas especies que producen un cambio del olor del aliento, donde no todos los pacientes consideran esto como halitosis, aunque producen aislamiento e incomodidad social. También se ha visto que distintos hábitos en el estilo de vida, como la ingesta de alcohol, tabaco, marihuana pueden predisponer a la proliferación de microorganismos que producen halitosis.